Margaret sinh ngày 21 tháng 8 năm 1930 tại Lâu đài Glamis tại Scotland,[4] ngôi nhà tổ tiên của mẹ bà[5] và được gọi một cách trìu mến là "Margot" trong hoàng tộc.[6] Bà được đỡ đầu bởi Ngài Henry Simson, bác sĩ sản khoa hoàng gia.[7] Thư ký gia đình, J. R. Clynes, đã có mặt để xác thực sự ra đời. Việc đăng ký khai sinh đã bị trì hoãn trong vài ngày để tránh việc bà bị đánh số 13 trong đăng ký giáo xứ.[8]

Vào thời điểm chào đời, bà đứng thứ tư trong danh sách kế vị ngai vàng Anh Quốc. Cha bà là Công tước xứ York (sau này là Quốc vương George VI), con trai thứ hai của Quốc vương George V và Vương hậu Mary. Mẹ bà là Công tước phu nhân xứ York (sau này là Vương hậu Elizabeth), con gái út của một quý tộc người Scotland Claude Bowes-Lyon, Bá tước thứ 14 xứ Strathmore và Kinghorne. Công tước phu nhân xứ York ban đầu muốn đặt tên cho cô con gái thứ hai của mình là Ann Margaret, khi bà giải thích với Vương hậu Mary trong một bức thư "Con rất nóng lòng muốn được gọi đứa bé là Ann Margaret, vì con nghĩ Ann xứ York nghe khá đẹp, & Elizabeth và Ann nghe rất hợp nhau."[9] Quốc vương George V không thích cái tên Ann nhưng chấp thuận cái tên thay thế là "Margaret Rose".[10]

Margaret được làm lễ rửa tội trong nhà nguyện riêng của Cung điện Buckingham vào ngày 30 tháng 10 năm 1930 bởi Cosmo Lang, Tổng Giám mục Canterbury. [13]

Thời thơ ấu của Margaret được dành chủ yếu tại các dinh thự của gia đình York tại 145 Piccadilly (nhà phố của họ ở Luân Đôn) và Royal Lodge ở Windsor.[14] Nhà York được công chúng coi là một gia đình lý tưởng: cha, mẹ và con,[15] nhưng những tin đồn vô căn cứ rằng Margaret bị câm điếc vẫn chưa hoàn toàn bị xua tan cho đến khi bà xuất hiện lần đầu tiên trước công chúng tại đám cưới của chú bà là Hoàng tử George vào năm 1934.[16]

Bà được giáo dục cùng với chị gái của mình, Vương nữ Elizabeth, bởi phó mẫu người Scotland của họ, Marion Crawford. Giáo dục của Margaret chủ yếu được giám sát bởi mẹ bà, người mà theo lời của Randolph Churchill "không bao giờ có mục đích nuôi dạy các cô con gái của mình có gì hơn là những cô gái trẻ cư xử tử tế".[17] Khi Vương hậu Mary nhấn mạnh tầm quan trọng của giáo dục, Nữ công tước xứ York nhận xét "Tôi không biết ý của bà là gì. Sau tất cả, tôi và các chị em của tôi chỉ có phó mẫu và tất cả chúng tôi đều kết hôn ổn — một trong số chúng tôi thậm chí còn rất ổn".[18] Margaret luôn cảm thấy tiếc nuối về trình độ học vấn hạn chế của mình sau khi trưởng thành, đặc biệt là trong những năm sau này và nhắm vào mẹ bà những lời chỉ trích.[18] Tuy nhiên, mẹ của Margaret nói với một người bạn rằng bà "hối hận" vì con gái bà không được đến trường như những đứa trẻ khác[19] và việc thuê một phó mẫu thay vì gửi các cô con gái đến trường có thể chỉ được thực hiện theo sự yêu cầu của Quốc vương George V.[20] Khi còn nhỏ, tác giả của Peter Pan là J. M. Barrie đã đọc truyện cho hai chị em.[21]

Ông nội của Margaret là George V qua đời khi bà mới 5 tuổi và bác của bà lên ngôi Quốc vương Edward VIII. Chưa đầy 1 năm sau, trong cuộc khủng hoảng thoái vị vào ngày 11 tháng 12 năm 1936, ông rời ngai vàng để kết hôn với Wallis Simpson, một người Mỹ đã ly hôn hai lần, người mà cả Giáo hội Anh và các chính phủ các nước tự trị sẽ không chấp nhận làm Vương hậu. Giáo hội sẽ không công nhận cuộc hôn nhân của một người phụ nữ đã ly hôn với người chồng cũ còn sống là hợp lệ. Sự thoái vị của Edward đã khiến Công tước xứ York bất đắc dĩ trở thành Quốc vương George VI và Margaret trở thành người đứng thứ hai sau ngai vàng với tước hiệu Vương nữ Margaret để thể hiện địa vị của mình là một người con của quốc vương.[22] Gia đình họ chuyển đến Cung điện Buckingham; phòng của Margaret hướng ra đại lộ The Mall.[23]

Margaret là một Nữ Ấu sinh Hướng đạo trong nhóm Nữ Ấu sinh Hướng đạo đầu tiên của Cung điện Buckingham, được thành lập vào năm 1937. Bà còn là một Nữ Hướng đạo và sau đó là Nữ Hướng đạo lớn. Bà từng là Chủ tịch của Hội Nữ Hướng đạo Anh Quốc từ năm 1965 cho đến khi qua đời vào năm 2002.[24][25]

Tại thời điểm bùng nổ của chiến tranh thế giới thứ hai, Margaret và chị gái của bà sống ở Birkhall, tại Lâu đài Balmoral, họ ở lại đây cho đến Giáng sinh năm 1939, trải qua những đêm lạnh lẽo đến nỗi nước uống trong những chiếc bình pha lê bên giường của họ bị đóng băng.[26] Họ đón Giáng sinh tại Nhà Sandringham trước khi chuyển đến Lâu đài Windsor, ngay ngoại ô Luân Đôn, trong phần lớn thời gian còn lại của cuộc chiến.[27] Tử tước Hailsham đã viết cho Thủ tướng Winston Churchill để khuyên các Vương nữ di tản đến nơi an toàn hơn ở Canada[28] và mẹ của họ đã nói một câu nói nổi tiếng "Những đứa trẻ sẽ không đi đâu hết nếu không có tôi. Tôi sẽ không đi mà không có Quốc vương. Và Quốc vương sẽ không bao giờ rời khỏi đây."[29]

Không giống như các thành viên khác của gia đình hoàng gia, Margaret không được mong đợi sẽ đảm nhận bất kỳ nhiệm vụ công cộng hoặc chính thức nào trong chiến tranh. Thay vào đó, bà phát triển kỹ năng ca hát và chơi piano,[30] thường thể hiện các giai điệu từ các vở nhạc kịch sân khấu.[31] Những người cùng thời với bà cho rằng bà được cha mẹ nuông chiều, đặc biệt là cha,[32] người cho phép bà có những quyền tự do thường không được phép, chẳng hạn như được phép ở lại tới bữa tối ở tuổi 13.[18]

Crawford tuyệt vọng trước sự chú ý mà Margaret đang nhận được, khi viết thư cho bạn bè "Năm nay các bạn có thể chỉ mời Vương nữ Elizabeth đến bữa tiệc của các bạn không? ... Vương nữ Margaret thu hút mọi sự chú ý và Vương nữ Elizabeth cho phép cô ấy làm điều đó." Elizabeth, tuy nhiên, không bận tâm đến điều này và nhận xét "Ồ, mọi chuyện sẽ trở nên dễ dàng hơn rất nhiều khi có Margaret ở đây — mọi người đều cười với những gì Margaret nói".[18] Cha của Margaret, George VI rất quan tâm đến cô con gái út xinh xắn, hoạt bát và duyên dáng của mình, đến mức có người nói rằng Margaret được yêu mến hơn chị gái của mình là Elizabeth. Quốc vương George VI đã mô tả hai cô con gái của mình "Lilibet là niềm tự hào của tôi và Margaret là niềm vui của tôi."[33]